Zapojené školy v programe Zelená škola si na základe výsledkov environmentálneho auditu vyberú pre aktuálny školský rok najmenej jednu z výberových tém ako prioritnú, povinnú - podľa jej obsahového zamerania škola pripraví Environmentálny akčný plán školy, obsahujúci konkrétne úlohy a aktivity na ten ktorý školský rok.                                              

Školy si môžu vybrať z nasledujúcich tém:

• voda,
• odpad,
• energia, 
• doprava a ovzdušie, 
• zelené obstarávanie,
• zeleň a ochrana prírody

 

• Napríklad ak škola podľa výsledkov environmentálneho auditu identifikuje výraznú, nadštandardnú spotrebu vody, môže sa v aktuálnom školskom roku a v Environmentálnom akčnom pláne školy na aktuálny školský rok venovať výberovej téme voda a pripraviť aktivity cielene mierené na zníženie spotreby vody. Môže ísť napr. o prednášky, výučbové programy k téme voda, exkurzie do úpravne pitnej vody či do čistiarne odpadových vôd, čistenie studničiek, aktivity pre verejnosť pri príležitosti Dňa vody..., ale tiež inštaláciu úsporných splachovačov, pákových batérií, zariadenia na využívanie dažďovej vody, pravidelné monitorovanie a vyhodnocovanie spotreby vody a pod.
• Školy si môžu naplánovať v Environmentálnom akčnom pláne aj čiastkové aktivity z iných oblastí, prípadne pribrať aj ďalšiu tému
• Školy, ktoré sa opakovane zapájajú do programu, si s každým novým certifikačným obdobím vyberú tému novú. Realizácia programu Zelená škola na konkrétnej škole je tak v každom certifikačnom období zameraná iným smerom, práce na programe sa neopakujú a činnosť tak získava na rozmanitosti a pestrosti.